HPC基因組學圖像,由麻省理工學院和哈佛大學博德研究所提供

麻省理工學院-哈佛大學博德研究所數(shù)據(jù)科學平臺外聯(lián)與傳播總監(jiān)Geraldine Van der Auwera 表示:“我們知道,云技術將使數(shù)據(jù)聯(lián)合和協(xié)作達到一個全新的水平。我們可以與其它各方合作,創(chuàng)建一個基于云的數(shù)據(jù)生態(tài)系統(tǒng),使科研人員可以在利用自己生成的數(shù)據(jù)的同時,整合其它數(shù)據(jù)集,來實現(xiàn)更豐富、更強大的計算實驗?!?/p>

為適應基因組數(shù)據(jù)量和計算研究需求的急劇增長,博德研究所將其負載遷移到了谷歌云N2實例。在遷移到基于英特爾至強可擴展處理器的N2實例上之后,通過對管線部署工作流進行模塊化處理、根據(jù)負載需求正確調(diào)整云實例的大小并針對至強可擴展處理器進行優(yōu)化,博德研究所的用戶可以將其基因組學工作流在谷歌云上的運行速度提高約25%、成本降低34%。

英特爾與博德研究所自2017年起便展開合作,利用英特爾函數(shù)庫(包括英特爾?基因組學核心函數(shù)庫)幫助該研究所優(yōu)化其管線部署和基因組分析工具包。雙方還共同管理英特爾-博德基因組數(shù)據(jù)工程中心,來幫助世界各地的研究人員和軟件工程師構建、優(yōu)化并廣泛共享新的工具和基礎設施,以及幫助科學家整合和處理基因組數(shù)據(jù)。

英特爾還與博德研究所合作,幫助優(yōu)化其在谷歌云上的管線部署。例如,基因組分析工具包中的特定內(nèi)核針對使用英特爾高級矢量擴展指令集512(英特爾 AVX-512)的矢量運算進行了優(yōu)化。一些優(yōu)化的存儲功能使用了英特爾智能存儲加速函數(shù)庫(英特爾 ISA-L)。

為了實現(xiàn)更廣泛的生命科學生態(tài)系統(tǒng)愿景,博德研究所、微軟和Verily共同開發(fā)了Terra平臺。這是一個安全的可擴展平臺,供全球生物醫(yī)學研究人員訪問數(shù)據(jù)、運行分析工具并進行協(xié)作。Terra是在云基礎架構之上構建的,這使博德研究所能夠輕松擴展,并為科研人員提供新功能,使其更好地研究攻克人類疾病的解決方案。

基因組學已經(jīng)改變了生物科學的呈現(xiàn)方式。在英特爾和谷歌云的幫助下,博德研究所處于創(chuàng)新前沿,支持并幫助加速基因組學的研究進程。通過遷移到云并針對谷歌云實例對負載進行優(yōu)化,博德研究所以一種可擴展、前瞻性的方式完成了存儲容量和計算能力方面的挑戰(zhàn)。共同構建Terra平臺使博德研究所不僅賦能其研究團隊,而且還賦能世界各地的生命科學家,使他們能夠充分利用這些優(yōu)化的工具和管線部署,來創(chuàng)造一個聯(lián)合數(shù)據(jù)生態(tài)系統(tǒng),為生物醫(yī)學研究開啟諸多激動人心的全新可能性。

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