浪潮 發(fā)表于:14年10月30日 00:23 [來稿] DOIT.com.cn
為加速我國基因科學研究的進程,浪潮于日前正式推出生命科學一體機。這一產(chǎn)品的問世,將使國內(nèi)生命科學研究機構(gòu)能夠獲得低成本、高效率的基因分析處理平臺,更有效的開發(fā)和利用我國豐富的基因資源,加速我國基因戰(zhàn)略的發(fā)展。
浪潮生命科學一體機
基因成為21世紀寶貴戰(zhàn)略資源
21世紀是眾所公認的生命科學的世紀,基因已經(jīng)成為一種寶貴的戰(zhàn)略資源和財富,是未來國際間競爭的焦點。而在基因研究領(lǐng)域,由生命科學和計算機科學相結(jié)合形成的生物信息學,已經(jīng)成為揭示大量復雜生物數(shù)據(jù)潛藏奧秘的支撐性學科之一,其發(fā)展關(guān)乎基因研究的速度和成果。
數(shù)據(jù)處理難題制約基因研究
目前,基因測序技術(shù)呈現(xiàn)快速發(fā)展的勢頭,第二代測序技術(shù)可以一次完成數(shù)萬至數(shù)百萬條DNA分子的序列測定,使得科學家在極短時間內(nèi)對人類基因組進行細致研究成為可能。不過,這也改變了原本基因研究中“測序沒有處理快”的局面,大量的測序數(shù)據(jù)得不到及時處理,嚴重影響了基因研究進程和成果涌現(xiàn)。造成這一瓶頸的原因,其中既有數(shù)據(jù)處理平臺計算力和計算效率不足的因素,更重要的在于基因測序軟件使用門檻較高。
浪潮高性能計算總經(jīng)理劉軍表示,每種測序技術(shù)對應(yīng)的生物信息學的分析方法存在或多或少的差異,而每種分析方法都有特定的流程,會涉及到7-8種分析軟件。一方面,軟件種類的復雜導致部署繁瑣、周期延長、管理困難;另一方面,較高的專業(yè)性也導致無計算機或生物信息學基礎(chǔ)的人員很難勝任數(shù)據(jù)分析工作。這些問題大大限制了數(shù)據(jù)分析的速度,制約著生物信息學科的發(fā)展以及應(yīng)用。因此,開發(fā)一種易操作的生物信息學分析的軟硬一體化平臺,已經(jīng)成為加快基因數(shù)據(jù)分析速度,更好推動我國基因戰(zhàn)略發(fā)展的當務(wù)之急。
浪潮生命科學一體機“一鍵式”提升基因研究效率
據(jù)介紹,浪潮生命科學一體機的生物信息平臺后臺由浪潮服務(wù)器支撐,集成了基本的生物信息學工具,如Bowtie、Bwa等二代測序的比對工具, Fastqc等數(shù)據(jù)預(yù)處理工具等,能夠進行全基因組重測序等二代測序的數(shù)據(jù)分析。完善的軟件組合使得用戶可以根據(jù)實際研發(fā)需求,自定義數(shù)據(jù)處理流程并實現(xiàn)一鍵式運行,在大幅降低部署、優(yōu)化時間的同時,也通過“傻瓜式”操作降低了使用門檻。此外,瀏覽器登陸訪問功能,使得操作人員不再受工作地點的限制,實現(xiàn)移動辦公。
據(jù)介紹,浪潮生命科學一體機將持續(xù)收集基因數(shù)據(jù),豐富測序比對和數(shù)據(jù)處理工具,為基因研究的用戶提供便利,并致力于成為我國基因研究的重要平臺型裝備,為我國在該領(lǐng)域取得領(lǐng)先優(yōu)勢提供更好的支撐。
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